慈悲三昧水懺功德有哪些？從故事由來解釋，結緣法會化解業障！
「然其罪相雖復無量。大而為語。不出有三。一者煩惱。二者是業。三者是果報。此三種法。能障聖道。及以人天勝妙好事。是故經中目為三障。故諸佛菩薩。教作方便。懺悔除滅。此三障滅。則六根十惡。乃至八萬四千諸塵勞門皆悉清淨。 是故弟子某甲等。今日運此增上勝心。懺悔三障。欲滅三障者。當用何等心。可令此障滅除。先當興七種心。以為方便。然後此障乃可得滅。何等為七。一者慚愧。二者恐怖。三者厭離。四者發菩提心。五者怨親平等。六者念報佛恩。七者觀罪性空。」
《水懺》將我們犯諸罪業的原因，於此解釋得非常有條理。如上述懺文提到：我們因為意業而興起貪瞋癡三毒，進而帶動我們的身與口造眾罪業。而我們也因為這些過去曾造的惡業，使我們將來會因此墮入三惡道中。就算生於人中，也得「貧窮孤露、兇狠頑鈍、愚迷無知」等報。
故可藉由懺悔「煩惱障」、「業障」與「報障」3障煩惱，使我們免除墮於惡道之苦。
2. 條列懺悔三障清淨
懺悔煩惱障
要懺悔三障，就從三障的根本「煩惱障」開始懺起。悟達國師用了整個上卷到中卷的第一個段落來懺悔煩惱障，佔整部《水懺》相當大的篇幅。而上卷在皈依十方盡虛空界一切諸佛、法、僧之後的三障懺悔文字，說明煩惱障是由貪瞋癡三毒所引起。而我們也正因為不正知正見，而執著習氣深重產生種種煩惱，造作種種不善之業，如懺文所云：
「第一先應懺悔煩惱障。而此煩惱。皆從意起。所以者何。意業起故。則身與口。隨之而動。意業有三。一者慳貪。二者瞋恚。三者癡闇。由癡闇故。起諸邪見。造諸不善。是故經言。貪瞋癡業。能令眾生。墮於地獄、餓鬼、畜生受苦。若生人中。得貧窮孤露。兇狠頑鈍。愚迷無知。諸煩惱報……。
懺文於此開始遍數六道中一切造罪煩惱，從三毒根、三漏、三苦、三有、四住……、五住……、六根…….、十八界、二十五我、六十二見、九十八使到百八煩惱，一項一項細細懺悔。」
但先不論犯錯後不知不覺的情況，通常一般人在犯錯後都不願意承認自己有錯。故懺文即於此接著鼓勵學佛修行人犯錯後不要覆藏，應勇於改正才能停止造罪，還能增長無量功德：
「夫論懺悔者。本是改往修來。滅惡興善。人之居世誰能無過。學人失念尚起煩惱。羅漢結習動身口業。豈況凡夫。而當無過。但智者先覺。便能改悔。愚者覆藏。遂使滋蔓。所以長夜積習。曉悟無期。若能慚愧發露懺悔者。豈唯止是滅罪。亦復增長無量功德。豎立如來涅槃妙果。」
而悟達國師除了鼓勵人們勇於承認罪業之外，也提醒逃避問題將所造的罪業覆藏起來，也是徒勞無功：
「興隆佛法。紹繼聖種。淨身口意。善法自居。而今我等。私自作惡。而復覆藏。言他不知。謂彼不見。隱慝在心。傲然無愧。此實天下愚惑之甚。即今現有十方諸佛。諸大菩薩。諸天神仙。何曾不以清淨天眼。見於我等所作罪惡。又復幽顯靈祇。注記罪福。纖毫無差。夫論作罪之人。命終之後。牛頭獄卒。錄其精神。在閻羅王所。辯覈是非。當爾之時。一切怨對。皆來證據。」
除了「老天有眼」之外，其實「因果」乃宇宙的定律，不是我們能瞞得過的。故與其逃避，不如誠心「懺悔往昔所造諸惡業」才是上上之策。又於上卷的最後一段，也將我們因順從習氣，而導致橫生之煩惱懺悔後，上卷也至此圓滿。
而《水懺》中卷也以《佛說佛名經》作為開頭，提出我們應於懺悔發露前，起四種觀行作為滅罪的方便之法：
「禮諸佛已。次復懺悔。某甲等相與。即今身心寂靜。無諂無障。正是生善滅惡之時。復應各起四種觀行。以為滅罪方便。何等為四。一者觀於因緣。二者觀於果報。三者觀我自身。四者觀如來身。」
懺文於此敘述我們因無明「因緣」，而造眾罪業「果報」。亦因無明，而使我們本來有正因靈覺之性的「自身」，被煩惱黑闇叢林所覆。故今應當慚愧懺悔以破裂無明，才能得無上涅槃妙果，並藉觀「如來身」之功德除障滅罪。除了引入《佛說佛名經》的四種觀行之外，也將障礙我們於三寶間修學一切佛法的煩惱障，在此一一懺悔，三障中的煩惱障也至此懺悔圓滿。
懺悔業障
《水懺》的中卷第二個段落到下卷的第一個段落，即是以懺悔三障中的「業障」為主。提到有3種重要的「業」的概念：現報業、生報業、後報業。